SMP Katolik Santo Paulus Singaraja didirikan tanggal 1 Agustus 1965 berdasarkan Akta Pendirian Yayasan Swastiastu Nomor 54 tanggal 27 Agustus 1998. Nama “Santo Paulus” diambil dari nama pelindung Paroki Gereja Katolik Singaraja. Sekolah ini pada awalnya terletak di Jl. Baliwerti (sekarang Jl. Imam Bonjol) No. 3, Banjar Bali, Singaraja. Kondisi saat itu, sekolah ini memiliki areal yang sempit dan fasilitas yang belum memadai. Kemudian pada bulan Agustus 1966 berpindah lokasi baru, yaitu di Jl. Kartini No. 3 Singaraja sampai sekarang.

Sejak berdiri sampai saat ini, sudah banyak peran dari masyarakat, gereja setempat, dan terutama para kepala sekolah yang telah menumbuhkembangkan sekolah ini. Berikut ini adalah daftar kepala sekolah yang menjabat di SMP Katolik Santo Paulus Singaraja.

  1. Thomas Maridjan Koop (1965 – 1969)
  2. B. Da Rato (1969 – 1973)
  3. Ida Bagus Yudhana (1973 – 1975)
  4. Nurdana, BA (1975 – 1976)
  5. Y. Sarsito, BA (1976 – 1986)
  6. Daniel A. F. Tonjes, BA (1986 – 2006)
  7. L. Hary Budi Utomo (2006 – 2011)
  8. Sophia Upi, S.Sp.S., M. Pd (2011 – sekarang)

Pada tahun 2016, SMP Katolik Santo Paulus Singaraja diakreditasi dan mendapat status terakreditasi "A" berdasarkan SK Penetapan Hasil Akreditasi BAP-S/M Nomor 536/BAP-SM/LL/X/2016 tanggal 25 Oktober 2016.